Управляют Фондом поколений Попечительский Совет, сформированный из состава членов Правительства и депутатов Думы автономного округа, и исполнительная дирекция. Попечительский Совет рассматривает и утверждает структуру портфеля активов фонда, перспективы его развития, отраслевые программы, а также условия крупных сделок.
Структура управления Фондом и его активами соответствует крупному хозяйственному межотраслевому холдингу. Аппарат (Государственное предприятие «Исполнительная дирекция Фонда поколений Ханты-Мансийского автономного округа») регулирует инвестиционные процессы и финансово-хозяйственную деятельность дочерних предприятий.
Все программы и проекты Фонда утверждаются Попечительским советом. Контроль за эффективностью расходования денежных средств осуществляется Правительством и Думой автономного округа.